Rad o raku, dr. sc. Rose Karlić, objavljen u časopisu Nature

Još jedan veliki svjetski uspjeh znanstvenika bioinformatičke grupe zagrebačkog Prirodoslovno matematičkog fakulteta. Jedan od najprestižnijih svjetskih časopisa Nature objavio je rad pod naslovom Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer u kojem je dr. sc. Rosa Karlić, znanstvena novakinja s PMF-a, prva autorica!

U znanstvenom radu su znanstvenici s Harvarda i Zagreba otkrili povezanost između epigenetičkih svojstava stanica tumora i ishodišnih stanica normalnog tkiva u kojem je tumor prvi puta nastao, što može dovesti do kvalitetnije dijagnostike vrste tumora, a zatim i bolje ciljane terapije. Rad je objavljen u sklopu velike međunarodne studije nazvane Epigenomics roadmap, u kojem su znanstvenici u nekoliko desetaka publikacija za koje je Nature pripremio posebno izdanje, dali pregled tzv. epigenetičkih značajki stanica tkiva ljudi.

Epigenetika istražuje svojstva živih stanica koja se nasljeđuju bez promjena u genetičkoj informaciji sadržanoj u molekuli DNA. Takva svojstva, koja uključuju, primjerice, organizaciju kromatina (promjene u načinu pakiranja kromosoma unutar stanične jezgre) ili metilaciju molekule DNA, utječu na regulaciju gena, a time i na metaboličke procese u stanicama, ali ne mijenjaju izravno niti jednu od tri milijarde baza na našoj DNA. Uglavnom se epigenetičke značajke prenose po majčinoj liniji. Upravo je istraživanje strukture kromatina koje je dr. sc. Rosa Karlić, koristeći računalne metode, provela na zdravim stanicama petnaest različitih tkiva i osam vrsta tumora, pokazalo da maligni tumori, unatoč nekontroliranom rastu, diobi stanica i pojavom udaljenih metastaza, još uvijek zadržavaju „potpis" tkiva i vrste stanica iz kojih su nastali. To omogućavada se analizom tumorskog tkiva predvidi i vrsta tkiva od kojeg je tumor nastao, a taj podatak je izuzetno važan u dijagnozi i tretmanu bolesti.

Osim u radu gdje je glavna autorica, ime naše znanstvenice dr. sc. Rose Karlić, pojavljuje se u istom izdanju i u radu koji zbirno prikazuje sve rezultate ove velike studije koju je koordinirao američki Nacionalni institut za zdravlje, što je izuzetno velika čast i dodatno priznanje kvaliteti doprinosa zagrebačke grupe cijelome projektu.

Dr. sc. Rosa Karlić je ostvarila još jedan značajni uspjeh prije nepuna dva mjeseca, kao koautorica objavila je rad u časopisu The Cell, najboljem u svijetu u području stanične i molekularne biologije. Uz dva rada u časopisu Nature, jednim u časopisu The Cell i rezultatima svog doktorata koji su objavljeni u časopisu PNAS, dr. sc. Karlić po svim svjetskim standardima spada u elitnu skupinu mladih znanstvenika-postdoktoranada.

"Iznimno sam ponosan na Rosu, jer je ovakav uspjeh rijedak i u mnogo jačim znanstvenim sredinama", izjavio je prof. dr. sc. Kristian Vlahoviček, voditelj grupe za bioinformatiku na zagrebačkom PMF-u i jedan od koautora publikacije. "Rosa je osmislila i provela cjelokupni protokol za analizu ogromne količine podataka koje je trebalo organizirati, obraditi i prikazati, i upravo smo po tome međunarodno prepoznati kao jedna od izuzetno kvalitetnih istraživačkih skupina u području primjene naprednih računalnih metoda u analizi živoga svijeta. Rosino istraživanje je omogućeno kvalitetnim europskim financiranjem koje smo kroz project IntegraLife Sveučilišta u Zagrebu i pod koordinacijom prof. dr. sc. Gordana Lauca s Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta povukli iz sredstava Europske komisije.

Upravo kroz taj projekt nabavili smo jedno od najsnažnijih računala u regiji, koje je omogućilo da provedemo ovako zahtjevne analize. Ironično je da prema domaćim kriterijima Rosa nema uvjete za zaposlenje i ostanak u sustavu znanosti, jer se umjesto kvalitete radova traži isključivo njihov broj. Stoga ćemo je vjerojatno morati prepustiti nekom inozemnom institutu koji će njenu iznimnu kvalitetu znati prepoznati i adekvatno poduprijeti", zaključio je prof. dr. sc. Vlahoviček.

Časopisi Nature i The Cell s faktorima odjeka od preko 30 (The Cell – 33; Nature 42) na samom su vrhu rang liste svjetskih znanstvenih časopisa. Od osamostaljenja do danas, znanstvenici s hrvatskom adresom objavili su u časopisu Nature 20 puta a u časopisu The Cell svega devet puta, od čega su po dva rada i u jednom i u drugom časopisu kao autori sudjelovali članovi Grupe za bioinformatiku na Zavodu za molekularnu biologiju zagrebačkog PMFa pod vodstvom prof. dr. sc. Vlahovičeka.