Ovi planktoni, simbioti koralja, imaju genome jedinstvene u svijetu

Genom jednostaničnih planktona, poznatih kao dinoflagelati, organiziran je na neobičan i jedinstven način, pokazalo je novo istraživanje.

Istraživači organizacije KAUST ispitali su genomne organizacije simbionta koralja, dinoflagelata poznatog kao Symbiodinium microadriaticum. Ovaj je tim koristio tehniku naziva Hi-C kako bi detektirali interakcije u kromatinu dinoflagelata, kombinaciju DNA i proteina koji čine kromosom. Analizom ovih interakcija otkrili su na koji način nastaju veze unutar kromosoma, te su tako dobili uvid u prostornu i strukturalnu organizaciju genoma.
Iznenađujuće otkriće bila je organizacija genoma koja teži izmjeni jednosmjernih blokova.

„Ovo je nešto vrlo različito od svega što možete vidjeti u drugim organizmima. Priroda može djelovati na potpuno drugačiji način nego što smo mislili“, rekao je jedan od autora studije, Octavio Salazar.

Orijentacija gena u kromosomima obično je nasumična. No, u ovom su slučaju geni bili konzistentno orijentirani u jednom ili drugom pravcu, s granicama među blokovima koje jasno ukazuju na interakciju kromatina.

Ova je organizacija također iskazana u trodimenzionalnim strukturama genoma, za koje tim zaključio da sadrže štapićaste kromosome koji se preklapaju u strukturalne domene na granicama gdje se izmjenjuju blokovi gena. Još je intrigantnije to što je ova struktura ovisna o transkripcijskoj aktivnosti. Kada su istraživači tretirali stanice kemikalijom koja blokira transkripciju gena, strukturalne domene su nestale.

Ova neobična veza odgovara još jednoj neobičnoj činjenici o dinoflagelatima – imaju vrlo malo transkripcijskih faktora u genomu i čini se da ne odgovaraju na promjene u okolišu promjenama u ekspresiji gena. Oni koriste doziranje gena kako bi upravljali ekspresijom i prilagodili se okolišu, tako da ispuštaju ili primaju kromosome kroz epigenetske strukturne modifikacije. Istraživači sada rade na dubljim istraživanjima svih ovih novih otkrića kako bi otkrili zbog čega su dinoflagelati razvili ovu jedinstvenu strukturu. Izvor: KAUST Discovery